农村自家的宅基地盖三层楼违法吗，与后院窗台距离十三米，影响他采光吗

1、楼距：楼高的0.7倍，此为南北朝向排列的楼房间距，若东西向则为0.5倍。如前排房屋的高度为20米，那么后排房屋距离前排房屋要有14米才符合要求。
2、采光权：指不动产的所有人或使用人享有从室外获取适度光源的权利，是人们生活不可或缺的基本权利。采光权是一种相邻权。对此，我国《民法通则》第83条规定：“不动产的相邻各方，应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的精神，正确处理截水、排水、通行、通风、采光等方面的相邻关系。给相邻方造成妨碍或者损失的，应当停止侵害，排除妨碍，赔偿损失。”对于住宅采光的标准，建设部《国家标准城市居住区规划设计规范》GB5018093（修改本）第5条规定，住宅日照应符合如下标准：大寒日不少于2小时，冬至日不少1小时，旧区改建的项目内新建住宅日照标准可酌情降低，但不应低于大寒日日照1小时的标准。

有建房手续吗？

看有无建房的合法手续。
       违章建筑是指未取得拟建工程规划许可证(原址、选址建房意见书)，在规划区以外建设，违反《土地管理法》、《城乡规划法》、《村庄和集镇规划建设管理条例》等相关法律法规的规定动工建造的房屋及设施。