学校用软件控制学生手机违法吗

视情况而定。
学校、教师没收学生手机的行为，属于对学生手机的临时占有和管理，不是法律意义上的没收。但是如果占为已有且拒不归就是违法行为。
　　一：《物权法》第二条第三款的规定以及第四条之规定：手机是学生的合法动产,学生拥有该物品的所有权,任何个人与机关(除执法机关外)无权占有或扣留.　　
　　二：《物权法》第三十四三十五条：有权对倾犯合法财产的个人以及机关(除执法机关外)要求财产复原和归还.　
　　三：学校有规定学生不允许带手机上学,却无规定老师可以没收以及扣押手机.因为《物权法》有明文规定任何人都不能侵犯别人的个人财产.而学校更没有权利去没收,虽然个别学校是公办学校,但学校再怎么样也只能是学校,永远都不能成为执法单位.而某些学校有规定老师可以没收,此规定与法律相冲,它便是违法规定.照例应该废除.　　
　　四：《教师法》并没有“没收或扣押学生财产”的权力。并且《未成年人保护法》、《教师法》、《教育法》中说明，不得侵犯学生的合法权利。而《物权法》中的权利，是属于合法权利。