公司注销前往来的款项怎样清理

总公司按合并报表的方式，以其净资产（亏损额）与总公司账面的拨款相抵并确认亏损。同时应将应承接的债权、债务一并并入总公司账内。在确认亏损时，涉及总、分公司的所得税问题，应多与税务联系（特别是总公司）。如果分公司是亏损的，在最后结账时亏损也是要转到总公司的。《公司法》第一百八十八条 公司注销公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。