1、工程竣工后才发现施工合同无效的,如果工程验收合格的,承包人仍然可以请求发包人支付工程款;
2、如果有可修复的瑕疵的,修复费用由承包人负责;
3、如果不可修复的,发包人可以不支付工程结算款。
4、法律依据:《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第二条 建设工程施工合同无效,但建设工程经竣工验收合格,承包人请求参照合同约定支付工程价款的,应予支持。
第三条 建设工程施工合同无效,且建设工程经竣工验收不合格的,按照以下情形分别处理:
(一)修复后的建设工程经竣工验收合格,发包人请求承包人承担修复费用的,应予支持;
(二)修复后的建设工程经竣工验收不合格,承包人请求支付工程价款的,不予支持。