土地确权时才知道土地被侵占了应该怎么办

1、土地确权时才知道土地被侵占了当事人可以优先选择协商处理，协商不成的可以向法院起诉，要求对方归还被侵占的土地。构成非法占用农用地罪的，依法追究刑事责任。
2、法律依据；《土地管理法》
第七十七条 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。