1、存在有效仲裁协议的发生建设工程施工合同纠纷能仲裁。当事人申请仲裁应当有仲裁协议;有具体的仲裁请求和事实、理由;属于仲裁委员会的受理范围。没有仲裁协议,一方申请仲裁的,仲裁委员会不予受理。
2、法律依据:《中华人民共和国仲裁法》
第十七条 有下列情形之一的,仲裁协议无效:
(一)约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的;
(二)无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议;
(三)一方采取胁迫手段,迫使对方订立仲裁协议的。
第二十一条 当事人申请仲裁应当符合下列条件:
(一)有仲裁协议;
(二)有具体的仲裁请求和事实、理由;
(三)属于仲裁委员会的受理范围。