我的弟弟在北京开了一间咖啡店，并且打算自己注册商标，那么在北京商标注册管理局怎么办理呢

全国的商标统一在北京审查，一经注册，全国有效，全国有专用权。所以注册也自然都要交到北京来，统一审查了，才能统一有效。各省，各地方工商局都无权审查商标。由国家商标局统一审查。
商标可以申请也可以委托代理公司来申请。自己申请注册的，自己查询并到商标局大厅递交。委托代理公司申请的，由代理公司免费查询。如果委托代理公司申请的，应当核实一下代理公司是否有资质。商标局网站上有公布备案代理公司的名称。
商标注册申请后，商标局会下达《商标注册受理通知书》。
6个月左右，在中国商标网上可以查到商标申请的详细信息。
8个月左右，在审查中如果发现商标有被驳回的情形，则予以驳回，下达正式的《商标驳回通知书》，并告知详细的驳回理由。（注：本步骤视商标而定，如果通过审查不被驳回的商标，则没有本步骤）
1年左右，商标局审查完毕，并在中国商标网上正式公告。
15个月左右，公告期满，没有被提异议。则发给《商标注册证》，至此，商标注册的流程结束，商标注册完成。
申报北京商标注册管理局收费标准：商标注册，由商标局收取规费1000元，该费用为全国统一的行政收费，按件收费。如果委托代理，代理在800元左右。因此，一件商标注册总的费用通常为1800元。中途不再产生任何其它费用。