合法订立的补充协议是有效的。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时,应该以时间在后的约定条款为准执行,补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定,实际上是对主合同的原约定的重新修订变更,应当按照补充协议的规定执行。根据《中华人民共和国民法典》第五百一十条规定,合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后,当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的,可以协议补充;不能达成补充协议的,按照合同相关条款或者交易习惯确定。