存在。如下：
(一)双方当事人提出不同鉴定方式时出现法律空白
我国法律并没有规定当医患双方就同一纠纷提出不同鉴定方式时该如何处理，而出于不同的诉讼请求，医方和患方往往会选择不同的鉴定方式，这不仅给患者及其家属带来了麻烦，同时也给法官出了一些难题。这时法院面临的情形可能有下面几种：
第一，决定只做医疗事故鉴定；
第二，只做医疗过错鉴定；
第三，两种鉴定同时进行；
第四，先做医疗事故鉴定，如果不是医疗事故再做医疗过错鉴定。而无论法院作出哪一种决定，都可能会让未被法院认同的鉴定申请一方对将来的鉴定结论产生心理上的不信任或者不服从。
(二)现行“双轨制”导致赔偿“二元化”结构
在诉讼中，如果当事人选择了医疗事故技术鉴定方式，那么赔偿标准则应按照《医疗事故处理条例》赔偿；；如果当事人选择的是司法过错鉴定方式，则赔偿标准就应该按照最高院的《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》的标准赔偿。两者的赔偿标准不同，计算方法差距很大，于是，同一医疗纠纷却得到不同的赔偿数额，导致赔偿“二元化”结构。
(三)存在着公信度问题，有“自我鉴定”之嫌疑
医学会实际上是一个官方色彩很浓的学术组织，是在政府指导下开展工作的。通常情况下，医学会的成员也就是医疗机构的医务人员，医学专家库的成员常常具有双重身份，导致实质上是“自我鉴定”的模式，其公信力较差，也正因如此，司法过错鉴定制度才应运而生。此外，专家鉴定组对鉴定结论实行集体负责制，而集体负责制的根本问题就是无法追究个人的责任，也就出现了在法律上可以追究责任而在实际上并不能追究任何鉴定人的责任的现实状况。
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