1、主观故意的内容不同。贪污的主观故意是行为人以非法占有为目的侵占公款的所有权即公款的占有、使用、收益及处分权,日后不准备归还公款,即行为人明知自己的行为可能会使单位丧失公款的所有权,而希望或者放任这种结果的发生。挪用公款的主观故意是暂时性的取得公款的占有权、使用权与收益权,打算日后予以归还公款,对公款的所有权没有占有的意图。即行为人是否具有非法占有的目的是区分挪用公款和贪污的关键所在,也就是说如果被告人挪用公款具有非法占有的目的,就应以贪污罪定罪处罚反之,如果被告人在将公款挪用给个人占有时只是为了暂时性的取得公款的占有、使用、收益权,没有非法占有的目的就应以挪用公款罪定罪处罚。这里非法占有的目的实质是指行为人将单位的财物作为自己的财物进行支配,并遵从财物的用途进行利用和处分,具有不归还公款的性质。但也不能仅以“不归还”的状态存在就认定行为人具有非法占有的目的,“不归还”包含两层意思:一是主观上不想还,客观上也没有还的行为。二是主观上想还,只是由于客观上的原因造成无力归还。判断行为人的主观故意,应遵照主客观相一致的原则,具体判断和认定行为人主观上是否具有非法占有公款的目的。根据“最高人民法院关于印发《全国法院审理经济犯罪案件工作座谈会纪要》的通知”内容可知,在司法实践中,具有以下情形之一的,可以认定行为人具有非法占有公款的目的:
1、行为人“携带公款潜逃的”,对其携带挪用的公款部分,以贪污罪定罪处罚。
2、行为人挪用公款后采取虚假发票平账、销毁有关账目等手段,使所挪用的公款已难以在单位账目上反映出来,且没有归还行为的,应当以贪污罪定罪处罚。
3、行为人截取单位收入不入账,非法占有,使所占有的公款难以在单位财务账目上反映出来,且没有归还行为的,应当以贪污罪定罪处罚.
4、有证据证明行为人有能力归还挪用的公款而拒不归还,并隐瞒挪用的公款的去向的,应当以贪污罪定罪处罚。造成公款客观上“不归还或没有归还”的状态是由于行为人主观上不想还是客观上无力归是判断行为人是否具有非法占有目的的关键,如果是行为人主观上不想还,毫无疑问应定贪污。但如果行为人的初衷仅仅是暂时性的取得公款的占有、使用或收益权,主观上并没有产生非法占有的故意,只是后来由于客观原因造成行为人不能归还或者是无力归还,定性为挪用公款较符合客观事实和立法本意。
2、犯罪主体不同。贪污罪的主体是国家工作人员或者受国有单位委托管理、经营国有财产的人员。但挪用公款罪的主体只能是国家工作人员。
3、两者侵犯的客体不同,贪污罪和挪用公款在客体上虽然都侵犯了职务行为的廉洁性,但也是有区别的,贪污罪侵犯的客体是公共财物的所有权中的占有、使用、收益、处分权四项权能,而挪用公款仅是侵犯了公共财物的占有、使用和收益权。
4、客观行为方式不同。贪污罪在客观上表现为使用侵吞、盗窃、骗取等方法将公共财物据为己有,行为人往往采取销毁、涂改、伪造单据、账目等手段使公共财物已被侵吞的状态难以被发现。而挪用公款罪的行为表现为擅自决定动用本单位公款,虽然有时也采取一些欺骗手段,但是一般不采用侵吞、盗窃、骗取的手段。