购买商品房已经付清首付款想申请公积金贷款，能否先提取公积金余额后贷款公积金

可以，会影响以后公积金贷款的额度。
只是提取过公积金，而没有使用公积金贷款，那么名下无房买房使用公积金贷款，可以按照首套房贷的标准办理；如果配偶之前已经用过公积金贷款，虽说自己提取公积金不占用公积金贷款的名额，但是由于整个家庭之前使用过一次公积金贷款，同时这也是购买的二套房，属于二套房贷，首付最少6成。
根据上述两种情况，可以看出公积金贷款认定的标准和提取公积金贷款是无关的，也就是如果要想按照首套公积金贷款买房，必须是(家庭)名下无房无公积金贷款记录。但是，虽然提取公积金不影响公积金贷款的次数，但是对于公积金贷款也是同样有影响的;最直接的就是影响了公积金贷款的额度。
以商品房为例，首套房公积金贷款最高可以贷款到60万不超过房屋总价的70%，90平以内的不超过80%;第二套住房公积金贷款最高额度为60万元扣减首次已使用住房公积金贷款后的差额。且不超过房屋总价的40%。