村委会拆迁补偿协议无效后法院怎么办

解析：
若房屋拆迁补偿协议被判定为无效，必须重新商议并制定新的补偿方案，或者按照国家相关法律法规进行高质量、客观公正的评估，以此来确定相应的补偿金额。
根据我国现行的法律规范，如果人民法院裁定某项行为或协议属于违法或无效，那么它有权同时要求被告采取必要的补救措施；
对于给原告带来的经济损失，也应依法判决被告承担相应的赔偿责任。
法律依据：
《行政诉讼法》
第七十六条，人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施;给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十六条，房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。