农村宅基地盖三层违法吗

解析：
持有建设用地规划许可证书、建设工程规划许可证书以及建筑施工许可证书的三层建筑物一般来说不应被视为违章建筑；
然而缺乏上述任何一项证书的任何结构，包括仅有一层的建筑物，在法律意义上均可归类为违章建筑范畴。
法律依据：
《中华人民共和国城乡规划法》第四十条
在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。申请办理建设工程规划许可证，应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制修建性详细规划的建设项目，还应当提交修建性详细规划。对符合控制性详细规划和规划条件的，由城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府核发建设工程规划许可证。城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府应当依法将经审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图予以公布。