车辆挂靠公司,被拿走行驶证怎么办

解析：
在行驶证被扣押的情况下，当事人可亲自携带违章受理窗口开具的回执及该机动车所有人的身份证明文件和驾驶执照前往违规地车辆管理处进行处理。
具体流程为：
向车管所提交《补领、换领机动车牌证申请表》，经相关部门审核通过后，便可领取到新的行驶证。
法律依据：
《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十三条
机动车驾驶证遗失的，机动车驾驶人应当向机动车驾驶证核发地或者核发地以外的车辆管理所申请补发。