农村建房合同协议书具有法律效应吗

解析：
在当事人自愿且意思表达真实的基础上签订的自建房协议，如果其内容和形式都符合相关的法律规定并满足生效条件，那么该协议无疑将具备法律约束力。
我国现行的法律制度明确规定了，未经依法注册取得权属证书的农村住房不得进行买卖或转让。
然而，这项规定并非是为了彻底地禁止这类房产的交易活动，而是出于维护市场交易秩序和保护交易安全的考虑，所设定的一项基本原则性的管理措施。
因此，如果在实际操作中违反了上述规定，也不意味着必然会导致整个交易行为以及缔结的合同归于无效。
法律依据：
《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《城市房地产管理法》第三十八条
下列房地产，不得转让：
（一）以出让方式取得土地使用权的，不符合本法第三十九条规定的条件的；
（二）司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的；
（三）依法收回土地使用权的；
（四）共有房地产，未经其他共有人书面同意的；
（五）权属有争议的；
（六）未依法登记领取权属证书的；
（七）法律、行政法规规定禁止转让的其他情形。