在这种情况下,如果第三方已经根据其责任赔付了大部分损失,单位仍然需要承担剩余部分的责任,特别是那些未被第三方覆盖的工伤保险待遇。根据《中华人民共和国社会保险法(2018修正)》第四十二条现行有效,由于第三人的原因造成工伤,第三人不支付工伤医疗费用或者无法确定第三人的,由工伤保险基金先行支付。工伤保险基金先行支付后,有权向第三人追偿。这意味着,即使第三方已经进行了赔付,工伤保险基金仍有责任覆盖工伤职工的相关待遇,并且可以在之后向第三方追偿。
同时,根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第八条现行有效,职工因第三人的原因受到伤害,社会保险行政部门已经作出工伤认定,职工或者其近亲属未对第三人提起民事诉讼或者尚未获得民事赔偿,起诉要求社会保险经办机构支付工伤保险待遇的,人民法院应予支持。这进一步强调了工伤保险待遇的独立性,即工伤保险待遇应当由工伤保险基金支付,不受第三方赔偿情况的影响。
综上所述,即使第三方已经赔偿了大部分损失,单位还是需要根据工伤保险的相关规定,承担剩余部分的责任,确保工伤职工获得完整的工伤保险待遇。