农村土地建房指标转让协议是否有效

解析：
关于农村土地转让合同的有效性问题，需要根据实际情况加以判断。主要包括以下两个方面：
首先，若农村土地转让合同是建立在当事人双方自愿平等的基础之上，且合同中明确规定了允许土地转让的具体事项，则该合同按照法律法规规定，应当被视为有效；
其次，若不满足上述条件，则该农村土地转让合同将难以具备相应的法律约束力。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力;
（二）意思表示真实;
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。