《招投标法》第四十六条 招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内,按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
招投标到中标是一个比较复杂的过程,你所说的问题,要具体问题具体分析,看投标人是否对招标人所列的条件进行了响应。看你所说的施工合同与招标文件有冲突是否属于属于造价、工期、质量等实质性的内容。
如果是,那应该以双方招投标文件及附属文件为准,因为那是双方真实的意思表示(要约对承诺),如果是有关违约责任等其他内容,那应该以合同为准。