首先,关于宅基地使用权的转让,根据现行法律规定,宅基地属于集体所有,村民只有使用权,没有所有权,宅基地使用权的转让受到严格限制,一般情况下,宅基地使用权不能随意转让给本集体经济组织以外的人员。在你描述的情况中,兄弟二人已签署协议,弟弟给哥哥50万,哥哥转让自己的那份土地使用权,但因为没有房产证无法完成土地权益登记。这种情况下,建议弟弟在建房前,与哥哥再次明确协议内容,确保双方的权利义务清晰。同时,可以考虑通过公证等方式,对协议进行公证,增加协议的法律效力。如果担心哥哥不配合办证,可以在协议中约定违约责任,明确如果哥哥不配合办证,需要承担相应的违约责任,如返还已支付的款项及赔偿损失等。此外,弟弟在建房过程中,应确保建房行为符合当地的规划和建设要求,避免因违规建房导致后续无法办理土地证等问题。最后,如果在办证过程中遇到困难,可以寻求当地法律援助或咨询相关法律人士,以维护自己的合法权益。我是杭州的吴亮律师,如果仍有疑问,欢迎追问或一对一咨询。