公司在厦门，员工工作地在深圳

可以在厦门或深圳申请劳动仲裁。

劳动争议可向深圳（合同履行地）或厦门（用人单位所在地）申请仲裁，深圳优先管辖。最低工资、社保缴纳等按深圳标准执行。我是济南的殷德友律师，如果仍有疑问，欢迎追问或一对一咨询。

这种情况属于跨地区用工，社保和劳动关系管理会比较复杂。首先，公司注册地在厦门，但员工实际在深圳工作，那么劳动关系一般以实际工作地为准，深圳的法院或仲裁机构通常有管辖权。其次，社保缴纳地建议按实际工作地深圳来处理，否则员工在深圳就医、工伤等可能无法享受当地待遇。最后，公司需要与员工明确约定工作地点、社保缴纳方式，并在劳动合同中写清楚，避免后续纠纷。我是杭州的吴亮律师，如果仍有疑问，欢迎追问或一对一咨询。