结论:农村自建房是不是违建,要看有没有取得乡村建设规划许可,历史遗留的无证房不一定一律拆除,但后来加盖的那层,确实存在被认定为违建的风险。分析:第一,原来那3层如果是当时统一建设、符合当时政策的,通常按历史遗留问题处理;第二,后来加盖的隔热层,如果没批先建,属于违法建设,可能被责令限期整改或者拆除,但实践中对自住、没有安全隐患的轻微加建,多以罚款、补办手续为主;第三,"违建"这个认定是由乡镇政府作出的,不是自动成立的。建议:到自然资源和农业农村部门查一下房屋底册,能补办手续的尽快补办;如果收到了限期拆除通知,及时申请行政复议或者提起行政诉讼,不要以强拆对抗执法。与其担惊受怕,不如主动去把手续补了,把不确定的风险变成确定的合规。