甲方购买乙方国有土地建厂，但乙方土地变更时政府没有给土地所有人进行征地补偿，土地所有人一直只拿政府每年1.5万补偿，以租代征的形式发放。现在甲方要动工建厂，土地所有人阻碍施工，要求征地补偿。现在政府拿不出钱来补偿，有甲方出资签定了协议进行了补偿。协议内容包含了不反诉，承诺一年内分两次付请补偿款。请问一下甲方如果把厂房建好后反悔了怎么办？因为甲方购买时取得了合法手续，也不知道这士地有纠纷，为了厂房早日开工替政府付了补偿款，事后如反诉，这份协议有没有法律效力？