我现在因为公司不给发加班费，去申请了仲裁。不知道一般情况下如果去申请仲裁算旷工吗？

看具体情况，看你申请仲裁的请求是什么，比如要求解除劳动关系那肯定不能算旷工，如果你的仲裁请求要求支付加班工资，那仅因为仲裁就不去上班旷工是可以构成的。
仲裁期间不上班是否算旷工不能一概而论，这要看仲裁期间劳动者是否应当上班。应当上班的，无正当理由既不按规定程序请假又不出勤的属于旷工。一般来讲，劳动者主张解除劳动关系或者因用人单位解除劳动关系发生的劳动争议，仲裁期间劳动者可以不上班，其它情形应当上班。