《民事诉讼时效的司法解释》第五条 当事人约定同一债务分期履行的,诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算。
根据法律规定,买卖合同的诉讼时效从债务人履行期限届满开始计算,一般为两年。因为你们的货款是分期支付的,所以应当按照09年6月的履行期限届满之日起计算两年,也就是11年6月。
如果你们公司在这期间一直没有向对方公司催收过质保金,除非对方自愿履行,否则这部分债权已经过了2年的诉讼时效,即使诉讼,也不能得到法律的保护。
如果这两件期间你们曾有过催收的事实出现(比如催款单、电话催收记录),诉讼时效可以从这个时间开始重新计算2年。
开发票只能证明你们之间有债权债务关系,证明买卖事实的存在,对主张债权没有影响。