我在乡镇开了一家诊所，相关的运营资格都有，最近爆出很多假疫苗的事件，我曾经也给当地的幼儿园、小学接种过疫苗，很担心，如果我卖的都是假疫苗且我并不知道，我要负责吗？会被抓吗？

给他人注射假疫苗的行为，可能会认定为销售假药罪，但是要看情况。根据你说的，事先并不知情这样的疫苗是假的，即使现在给他人注射、使用了这批假药，责任也不在你。根据刑法修正案八的规定，只要具有主观故意生产、销售假药的行为，即构成本罪，所以你的情况是不需要承担刑事责任的。
但是作为医护人员，即使是在不知情的情况下给他人注射了假疫苗，在造成了患者损害的情况下对方是可以要求你承担民事赔偿责任的，不过之后你也可以向生产假疫苗的厂家追究责任。