算迟到,应当减扣加班费。虽然,用人单位因为生产经营工作需要,安排劳动者休息日加班,应当征得工会和劳动者同意,劳动者有权拒绝加班。但是,劳动者同意了加班的,就应当遵守劳动纪律,迟到的同样应当照算,按迟到处理,减扣加班费。《劳动法》第三条 劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。劳动者应当完成劳动任务,提高职业技能,执行劳动安全卫生规程,遵守劳动纪律和职业道德。
第四十一条用人单位由于生产经营需要,经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间,一般每日不得超过1小时因特殊原因需要延长工作时间的在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时,但是每月不得超过36小时。