商业秘密赔偿数额一般以己方受到的损失和侵权获得的利益为计算依据。我国反不正当竞争法第二十条第一款规定,经营者违反本法规定,给被侵害的经营者造成损害的,应当承担损害赔偿责任,被侵害的经营者的损失难以计算的,赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润;并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。但这仅仅是原则性规定。最高法院和地方法院对此作出一些相应的司法解释参考意见。目前普遍采纳的办法有:
(1)以被侵权人的利润的减少作为赔偿的金额;
(2)以侵权人在同等条件下获得该商业秘密须付出的转让费作为赔偿依据;
(3)以侵权人的侵权产品销量乘以被侵权人在被侵权以前该产品的平均利润作为赔偿依据。