我朋友在外面租房子的时候，没有想到对方也是二房东，现在自己的违约金被对方给扣除了，被二房东扣违约金怎么办？

我国民法和合同法对合同违约进行了明确的规定。像您这种情况，合同中已经明确约定了违约金，那么“如果提前退租，房东有权没收全部保证金”这条应当是不成立的，因为正如您所说，法律上的“保证金”的含义是为确保“原物返还”而收取的保证费用，不应当作为违约赔偿条款存在。
因此，如果您并没有将租用房屋内的相关设施损毁，您的原房东是无权没收您的保证金的，合同中关于没收保证金的条款应属于无效条款。鉴于合同中已明确记载违约金事项，那么如果发生违约，严格遵守合同中关于违约责任的约定履行违约赔偿责任，即赔偿500元即可，不能再没收您的押金。