我表姐他们公司现在签订了一份工程施工合同，工程施工合同中有的条款约定不明，表姐已经申请了工程施工合同的补充协议，签订施工合同补充协议有效吗？

根据建设部的有关规定要求，施工合同要到建设部规定的主管部门进行备案，而补充协议作为施工合同的组成部分也应该到相应的主管部门备案。虽然建设部的规定要求并不属于法律要求，但为了尽可能的保障合同的法律效力和双方的合法权益，最好将施工合同补充协议也进行备案。
施工合同补充协议有效吗
　　二、施工合同补充协议的内容
　　施工合同协议应该包含一下几项内容，甲乙双方的名称、施工的内容及施工、施工方式、施工工程价款的支付方式、施工期限、工程计价和结算、违约责任以及其他事项。其中一般是在施工内容及范围，价款的支付方式和计价结算方式这三个部分，针对原施工合同作出修改和补充。
　　三、施工合同和施工合同补充协议的区别
　　施工合同是原始的双方签订的施工协议，补充协议是在施工合同基础上进行的修改和补充。如果是招投标的施工合同，小伙伴们要注意，根据《招投标法》第４６条，招标人和中标人在已经订立书面招投标施工合同之后，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，如果是招投标施工，施工合同补充协议违背了原始施工合同的实质性内容则是无效的。另外，小伙伴们也要注意，因为施工合同的补充协议是建立在施工合同基础之上的，如果施工合同本身就无效的话，相应的补充协议一般也是无效的哦。