参加合作医疗的农民，无论门诊诊或住院，事实上发生的医疗花费，只要符合合作医疗相关限定，均可得到肯定比例的赔偿。
1、门诊赔偿。参合农民在定点医疗组织门诊就医，其医药花费，可按县市制定的门诊赔偿办法及赔偿流程，得到赔偿，但在非定点医疗组织就医的不予赔偿。
2、住院赔偿。参合农民因病需住院治疗，必须在合作医疗定点医疗组织住院，其赔偿方式及赔偿比例，需按县市制定的实施细则(方案)要求进行赔偿。
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1)参合农民在定点医疗组织住院治疗所发生的医疗花费，首先扣除起付准则限定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊体检费后，按比例赔偿。起付准则，按分别级别的医疗组织确定。越是基层医疗组织，起付准则越低．越是上级医疗组织，起付准则越高。确定起付准则，是按一级医院(乡镇卫生院)、二级医院(县市级医院及部分州级医院)、三级医院和省级及以上医院四个等级区分的。
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2)参合农民在定点医疗组织住院发生医疗花费，减去起付准则的金额。再减去应当自付的部分金额，就是计量赔偿的范围。以此为基数。按赔偿比例计量出应当赔偿参合人的具体数额。具体赔偿比例，也是按照一级医院、二级医院、三级医院和省级及以上医院级别确定的。具体比例分别为60％、50％、30％、20％。个别县市在制定方案时，适当提高了基层定点医疗组织的赔偿比例，属正常情况。
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