【案情经过】
某建设公司与某科技公司签订《建设工程施工合同》，约定某建设公司承建某科技公司厂区二期项目，合同采用固定总价2000万元包干。工程完工后，双方因工程造价扣减、逾期利息及证书费等产生纠纷。某建设公司诉至法院，要求支付工程款220万余元及利息、配合费、证书费等，并主张优先受偿权。一审法院委托鉴定机构对案涉工程造价进行鉴定，认定造价为2051万余元。一审法院结合双方质证意见，扣除了虚线隔墙等未施工部分，最终认定工程造价为1999万余元，判决某科技公司支付到期工程款99万余元及证书费4.8万元。双方均不服，提起上诉。某建设公司上诉主张虚线墙不应扣除，要求增加工程款28万余元；某科技公司则上诉要求继续抵扣甲供材料及甩项金额14.7万余元，并主张调整利息起算时间及保修期。
【争议焦点】
1. 虚线隔墙等工程量是否应从固定总价中扣除，案涉工程总造价应如何认定；
2. 质量保修期起算时间及逾期付款利息起算时间的认定是否正确；
3. 补充协议约定的项目证书费性质及是否应予支持；
4. 甲供材料及甩项工程的造价扣减是否成立；
5. 一审关于司法鉴定费用的分摊比例是否适当。
【裁判结果】
二审法院经审理认为，案涉工程采用工程量清单计价，招标人对清单准确性负责，且固定总价包干的是图纸，虚线墙造价不应从固定总价中扣除，一审扣除有误，予以纠正，工程造价增加29万余元；对于某科技公司主张的甲供材料，二审法院核实后扣除了坐便器等材料款2.3万余元；结合工程实际竣工验收时间，重新认定了保修期及逾期利息的起算时间；项目证书费实为人员滞留损失补偿，酌定支持4万元；鉴定费由双方各半负担。最终二审改判：撤销一审判决；某科技公司支付某建设公司工程款125万余元及逾期利息，支付人员滞留损失4万元；某建设公司就上述工程款享有优先受偿权。
