驾驶证超速扣12分, 过了三个月后还可以开车吗

不能，再被交警查到按无证驾驶处罚。根据公安部《机动车驾驶证申领和使用管理办法》第五十八条：机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。
扣分清零事项：
1、道路交通安全违法行为累积记分周期(即记分周期)为12个月，满分为12分，从机动车驾驶证初次领取之日起计算，如此类推不断地循环。驾驶证的清分时间是驾驶证上的发证日期，每年在发证日期那天系统自动清分。从驾驶证的“初次领证日期”起算，一年为一个记分周期，如此类推不断地循环。
2、如果驾驶证的初次领证日期是5月日，那么驾驶证记分周期就是：从5月日的零时起至5月日二十四时止。
3、违法所记分值如果在一个记分周期内所记分值未满12分的，记分系统会从下一记分周期开始将上一记分周期所记分值(交清罚款后)自动清零
4、被记满12分的，则需要到驾驶证核发地车管所或到违法行为地车管所参加学习并考试科目一(一个记分周期连续两次记满12分的增驾科目三后考试)合格后，方能将分数清零。否则你的驾驶证无常使用。