公司扣除了五险一金却没有缴纳该怎么办

1.先与单位进行协商，询问原因并要求其补缴，如果协商过后仍然不缴纳，就到单位所在地，区级劳动仲裁委员会申请仲裁，提出让单位补缴、缴纳五险一金的主张。五险一金是由用人单位和员工共同缴纳的，所以由员工缴纳的部分就直接从工资里面扣除。
2.法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第五十八条 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。国家建立全国 统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。