我们分居3年了，我们愿离婚，但在孩子抚养权上有争执怎么办

一、可以向法院进行起诉来保障自己可以得到抚养权；
二、但对于一般孩子在二周岁以下的一般就会归母亲来进行抚养，这样才能保障孩子的利益。
法律依据
《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。