土地确权时才知道土地被侵占了怎么办

在进行土地确权工作过程中，若发现土地遭他人侵占的情况，可依法向当地人民法院提起诉讼，情节特别严重者，尚可对侵占方施以刑事责任追诉。
依照我国《刑法》相关法律条例，任何单位或个人违反土地管理法规，擅自非法占用耕地、林地及其他农用地资源，破坏其使用现状或改变其功能属性，侵占数额达到一定规模且由此导致大量耕地、林地等农用地损毁者，将面临最长达五年的有期徒刑或者拘役惩罚，同时还需承担相应罚金。《中华人民共和国刑法》第三百四十二条
违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。