农村自建房三层算违建吗

具体情形需依据实际状况进行判断。
整体而言，只要在开展相关养殖活动时具备了充足完善的手续认证，便不应该被视为违规建筑。
所谓“违规建筑”即是违反相关规定和法律法规的建筑物，它涵盖以下几类：
未经主管部门许可擅自施工建设的建筑、自行变更建设工程规划许可证内容的建筑、擅自更改已获得批准使用性质的建筑、临时性建筑超过有效期限但仍未得到妥善拆解的建筑以及通过伪造相关材料而骗取许可证进而得以竣工的建筑等。《畜禽规模养殖污染防治条例》第十一条
禁止在下列区域内建设畜禽养殖场、养殖小区：
（一）饮用水水源保护区，风景名胜区；
（二）自然保护区的核心区和缓冲区；
（三）城镇居民区、文化教育科学研究区等人口集中区域；
（四）法律、法规规定的其他禁止养殖区域。