公司的资金可以放在公司旗下的公司里面吗？

当然。
在综合考虑各种因素后，若与母公司订立合同并以分公司为收款方可以视为合法行为，然而这必须保证母公司与分公司之间事先进行充分的沟通和协商，必须在合同中明确清晰地表明所有事项，同时确定合同纠纷的诉求主体为母公司；
此外，合同的签署各方还需就各自的责任义务达成共识。
1、在现代商业社会中，子公司与母公司或同一公司内的各个分公司被视为相对应存在的两个概念；由于大规模企业经营的范围广泛，业务布局遍布全国乃至全球多个国家，因此负责直接参与相关业务运营的则是公司旗下设立的分支机构或附属单位，也就是人们常说的“分公司”。
而公司本身则按惯例称为“母公司”或“总公司”。
2、分公司实际上是指作为母公司或同一公司内的下级部门，直接投入到业务营运活动中去的分支机构或者附属单位；尽管名称中带有“公司”二字，但是从法律角度来看，分公司并未完全具备与真正意义上的公司相同的定义。
因为分公司并不具备独立的企业法人资格，无法独自享有独立的法律地位，更不能独自承担相应的民事责任。
3、作为总公司的下设实体，分公司并不具备自身独立的财产体系；它实际拥有和使用的任何资产都构成了总公司财产的一部分，并将其纳入总公司的财务报告中予以反映。
《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《最高人民法院关于适用中华人民共和国民事诉讼法若干问题的意见》第四十条
民事诉讼法第四十九条规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括：
（1）依法登记领取营业执照的私营独资企业、合伙组织；
（2）依法登记领取营业执照的合伙型联营企业；
（3）依法登记领取我国营业执照的中外合作经营企业、外资企业；
（4）经民政部门核准登记领取社会团体登记证的社会团体；
（5）法人依法设立并领取营业执照的分支机构；
（6）中国人民银行、各专业银行设在各地的分支机构；
（7）中国人民保险公司设在各地的分支机构；
（8）经核准登记领取营业执照的乡镇、街道、村办企业；
（9）符合本条规定条件的其他组织。