员工入职两年后发现有案底能否合法开除

在涉及到存在犯罪记录的在职员工时，如果他已经正式加入贵公司并为公司工作，那么作为雇主是无法单方面解除与这位员工的劳动关系的。
相反，如果执意如此，需要承担相应的经济赔偿责任。
至于赔偿金额的具体确定标准，一般会参考劳动者在雇佣期内的服务年限以及他所享受的薪资福利待遇等因素来综合考虑。
具体而言，每满一年的工作期限，就应该支付相当于一个月工资数额的赔偿金。
《劳动合同法》第三十八条
用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。