一、本罪与一般组织乞讨行为的区别
《治安管理处罚法》第41条明确规定，“胁迫、诱骗或者利用他人乞讨的”构成治安违法行为，将被“处10日以上15日以下拘留，可以并处1000元以下罚款。反复纠缠、强行讨要或者以其他滋扰他人的方式乞讨的，处五日以下拘留或者警告。”
将组织乞讨罪的规定与《治安管理处罚法》的相关规定进行比较，二者存在以下差异：
一是《治安管理处罚法》的保护对象为任何人，而非仅限于残疾人或者未成年人。而组织乞讨罪确明确要求，只有残疾人与未满十四周岁的未成年人方能构成本罪的犯罪对象。
二是《治安管理处罚法》处罚的对象也更加广泛，非但组织者，所有实施了胁迫、诱骗或者利用他人乞讨的行为人和乞讨方式违法的乞讨行为人都是行政处罚的对象。而组织乞讨罪的处罚对象却只限于组织乞讨者。
三是《治安管处罚法》规定的行为方式也比组织乞讨罪广泛，只要是利用他人进行乞讨的行为，不论何种手段均构成违法治安处罚的违法行为。而组织乞讨罪确仅限于使用暴力与胁迫的手段。
总之，《治安管理处罚法》的处罚范围是包容了组织乞讨罪的规定，因此在具体认定本罪时，除了要把握两者从性质上不同的行为方式差异之外，还要注意同样是组织残疾人与未满14周岁的未成年人乞讨行为时，何种情况下适用《治安管理处罚法》，何种情况下适用组织乞讨罪。
二、本罪与故意伤害罪的关系
由于本罪所要求的特定的暴力或胁迫手段会对残疾人与未成年人的健康权、身体权与生命权造成一定的威胁，有可能造成被害人的伤害或死亡结果，从而符合其他侵害他人人身权利的犯罪的特征。因此有必要在理论上把本罪与其他侵害人身犯罪的界限加以厘清，以便于司法实践具体掌握。
就组织乞讨罪与故意伤害罪而言，如果组织乞讨者利用暴力的手段致残疾人或者未满14岁的未成年人人身受到伤害，则属于一行为(当然相对于组织乞讨罪的复杂行为而言，此处的一行为是有所特指的)触犯数个罪名的想象竞合犯。依照我国刑法理论界的通说应当按照从一重罪处断原则处理，也即依照行为触犯数个罪名中法定刑较重的犯罪定罪处罚，而不是数罪并罚。比较组织乞讨罪与故意伤害罪的法定刑幅度，在致人轻伤时故意伤害罪与组织乞讨罪的法定刑幅度是基本一致的，故意伤害罪致人轻伤时处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，组织乞讨罪的基本法定刑是三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。但是如前所述，组织乞讨罪的暴力程度应当仅限于致人轻伤。而且组织乞讨罪有两个法定刑幅度，情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。因此，可以说，在组织乞讨的暴力行为仅致残疾人或未满14周岁的未成年人轻伤时，组织乞讨罪的法定刑幅度是高于故意伤害罪的，因此应当依照组织乞讨罪定罪处罚。而当非法组织的暴力手段致人重伤时，故意伤害罪的法定刑是三年以上十年以下有期徒刑，较之情节严重时的组织乞讨罪处以三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金的法定刑是相对较重的，因此此时应当依照故意伤害罪定罪处罚。至于行为人故意伤害致人死亡或者以特别残忍的手段致人重伤或造成严重残疾时是毫无疑问要适用故意伤害罪定罪处罚的。
值得注意的是，上述的讨论只限于说明以暴力为手段的组织行为致人伤害时的法律适用问题。至于实践中发生的，有的组织乞讨者为了使被期织者更容易乞讨得逞，故意致被组织者伤残的行为是独立构成故意伤害罪的情形。如果综合案件情节同时符合组织乞讨罪的犯罪构成，便应当按照故意伤害罪与组织乞讨罪进行数罪并罚。
三、 本罪与非法拘禁罪的关系
在组织乞讨的过程中往往伴随着组织者对被组织对象的非法限铑限制或剥夺人身自由。此时如果符合非法拘禁罪的犯罪构成便会发生其与组织乞讨罪的法律适用选择问题呢?拘禁行为是组织行为的一部分，非法的组织行为往往都包含有对被组织者的非法拘禁。因此，刑法在规定组织乞讨罪时已经把这种情况考虑在内了，组织行为中非法拘禁的社会危害性构成组织乞讨罪的一部分，从卧而被吸收了。因此，此时不发生罪数的认定问题，依照组织乞讨罪单独定罪处罚嘲已足以惩罚其社会危害性。
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