1、区分本罪与武器装备肇事罪的界限
武器装备肇事罪主要是在武器装备的操作使用过程中发生的,行为人主要是武器装备的操作使用人员;而擅自改变武器装备编配用途罪则主要是在武器装备的管理过程中发生的,行为人主要是武器装备的管理人员而不是操作使用人员。如果武器装备的操作使用人员违反武器装备的管理规定,擅自改变武器装备的编配用途,造成严重后果的,也应以擅自改变武器装备编配用途罪论处,而不宜定为武器装备肇事罪。
2、使用武器装备实施其他犯罪的定罪
擅自改变武器装备的编配用途,使用武器装备去实施其他犯罪的,如使用装备枪支杀人,动用舰艇、军用飞机走私等,如果没有造成上述严重后果的,一般应将其擅自改变武器装备编配用途的行为作为实施其他犯罪的一个情节从重处罚。但是在使用武器装备实施其他犯罪过程中,造成重要武器装备严重毁损,人员重伤死亡及其他严重责任事故,或者影响部队完成重要任务等严重后果的,则应实行数罪并罚。