工伤行政部门不能挪用专项赔偿款。《工伤保险条例》第五十四条 单位或者个人违反本条例第十二条规定挪用工伤保险基金,构成犯罪的,依法追究刑事责任;尚不构成犯罪的,依法给予行政处分或者纪律处分。被挪用的基金由劳动保障行政部门追回,并入工伤保险基金;没收的违法所得依法上缴国库。工伤保险制度是国家通过立法建立的社会保险制度。工伤保险基金是由依法参加社会保险的用人单位缴纳的工伤保险费等资金形成的基金,基金由政府指定的经办机构依法进行管理,基金全部存入国家建立的财政专户。基金的性质属于公共财产,不同于某个用人单位所有的资金,也有别于救灾、救济、防汛等特定款物。因此挪用工伤保险基金构成犯罪的,不应适用刑法第二百七十二条挪用资金罪而应适用第三百八十四条挪用公款罪。刑法第三百八十四条规定的挪用公款罪,是指国家工作人员利用职务上的便利,挪用公款归个人使用,进行非法活动,或者挪用公款数额较大、进行营利活动的,或者挪用公款数额较小、超过3个月未还的行为。根据《工伤保险条例》和《刑法》相应规定,工伤行政部门挪用专项赔偿款是违法行为,构成犯罪需承担刑事责任;不构成犯罪也要受到行政处分,或纪律处分。