1990年村民与村集体签订协议，村集体将集体经营性企业厂房转让给村民，1992年土地局对其确权登记为宅基地，村民并为进行过户，那我这个协议有效吗

不能够：乡村宅基地的所有权本身就隶属集体，当事人只有使用权，无所有权，不能处罚宅基地(赠与)。《物权法》第一百五十二条　宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。　　第一百五十三条　宅基地使用权的获到、行使和转让，适用土地管理法等法律和国家有关限定。《宅基地管理条例》第三条乡村村民宅基地的所有权隶属村民集体所有，村民只有使用权，无所有权,禁止私行买卖或违法转让。