哥哥所在的部门被公司安排了一个比较难的项目，因此为了准时的完成公司交代的任务，他们全部加班加点的工作，如今已经完成了，他就想问问合同里有两部分工资加班怎么算

加班费应该按照合同上的规定来，也就是劳动者的应发工资计算。
不同情况下的加班费计算方法略有不同：
工作日加班费的计算方式=月工资÷21.75÷8×加班小时数×1.5倍。
双休日加班费的计算方式=月工资÷21.75÷8×加班小时数×2倍。
法定节假日加班费的计算方式=月工资÷21.75÷8×加班小时数×3倍。
职工加班费的基数可以由企业和职工协商来确定，否则企业应按照劳动者本人正常劳动应得的工资确定。
企业计算加班工资的工资基数，首先应当按照劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。
如果劳动合同、集体合同没有约定的，职工代表可与用人单位通过工资集体协商确定，协商结果应签订工资集体协议。
根据以上，你公司的加班费计算倍数是正确的，但加班费的基数不对，实际上应以实发工资为基数。