环保部门通知整改，有立即配合整改的，是否还罚款？

那要看你所说的扰民是指哪方面了。小区内的可以先找物业，其它的话就参照这个：建筑工地施工过程中产生的扬尘污染、渣土运输过程产生的扬尘污染、市政以及园林施工过程中产生的扬尘污染、夜间违章施工造成的噪音污染依法由城市管理行政执法局监督；因饲养动物、娱乐、家庭装修等家庭生活产生的噪音、在城市市区街道、广场、公园等公共场所组织娱乐集会等活动、商业经营活动中使用高音喇叭招揽顾客产生的噪音属于社会生活噪音，依法由公安机关监管，可向公安机关投诉；而企业、工厂生产过程中产生的噪音以及工地白天施工噪音可向环保部门投诉。