人力资源和社会保障部《关于执行工伤保险条例若干问题的意见》第五条规定,社会保险行政部门受理工伤认定申请后,发现劳动关系存在争议且无法确认的,应告知当事人可以向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。在此期间,作出工伤认定决定的时限中止,并书面通知申请工伤认定的当事人。劳动关系依法确认后,当事人应将有关法律文书送交受理工伤认定申请的社会保险行政部门,该部门自收到生效法律文书之日起恢复工伤认定程序。因此,公司可以向社会保险行政部门提出不存在劳动关系的异议并提交相关证明材料,社会保险行政部门如果经审核认为双方劳动关系存在争议且无法确认的,会告知当事人向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁,以确定是否存在劳动关系,并待劳动关系事宜处理完毕后,以生效的法律文书为据,依法恢复工伤认定程序。