被征用农田上栽种苗木的赔偿纠纷应该哪个部门主管

具体征收部门和协办部门。　　可以根据《征地》法规，征地主要指国家出于公共利益的需要，按照法定程序强制征用农民集体所有土地，并根据补偿标准一次性给予被征地者（包括土地所有权人、使用权人以及土地承包经营权的发包人、承包人、转包人等）一定的货币补偿，有的还必须按照要求进行必要的就业安置。　　一般来说，只要是出于公共利益的需要，对于属于农民集体所有的土地都可以进行强制征用。但是，我国为了保护耕地，严格控制耕地转为非耕地的行为。