备案合同外另行签订实质性内容不同的合同如何认定

未备案的合同不应认定为黑合同。
因为备案与否并非合同生效的条件，当事人签订的合同尽管与备案的合同有实质性内容的不同，但并非不能作为结算的依据。
此处对合同的认定，应以该合同是否违反法律禁止性规定，是否体现当事人真实意思表示进行判断。
《合同法》第六十一条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。