不合法。根据《村民组织法》第十九条规定:涉及村民利益的下列事项,村民委员会必须提请村民会议讨论决定,方可办理:(一)乡统筹的收缴方法,村提留的收缴及使用;(二)本村享受误工补贴的人数及补贴标准;(三)从村集体经济所得收益的使用;(四)村办学校、村建道路等村公益事业的经费等集方案;(五)村集体经济项目的立项、承包方案及村公益事业的建设承包方案;(六)村民的承包经营方案;(七)宅基地的使用方案;(八)村民会议认为应当由村民会议讨论决定的涉及村民利益的其他事项。如果村委会没有通过村民会议讨论决定就擅自挪用补偿款,那是违法的行为。