货物发生损失引起的合同纠纷应该如何赔偿

如果运输合同关于赔偿约定的话，按照约定处理，双方可以协商，实在不行解决。对已投保货物运输险的货物，由于承运人的责任造成损失的，由承运人按货物的实际损失赔偿。
《海商法》第六十条 承运人将货物运输或者部分运输委托给实际承运人履行的，承运人仍然应当依照本章规定对全部运输负责。对实际承运人承担的运输，承运人应当对实际承运人的行为或者实际承运人的受雇人、代理人在受雇或者受委托的范围内的行为负责。
虽有前款规定，在海上运输合同中明确约定合同所包括的特定的部分运输由承运人以外的指定的实际承运人履行的，合同可以同时约定，货物在指定的实际承运人掌管期间发生的灭失、损坏或者迟延交付，承运人不负赔偿责任。