公司给员工缴的社保基数和医保基数不一样，怎么办

没多大不同，农村合同工和城镇合同工是由你的户口性质决定的。
1、对养老保险没影响，户口不影响退休金。
2、对医疗保险无影响！
3、对失业保险有不同：城镇职工、固定工失业后，失业人员领取失业保险金的期限，根据其失业前所在单位和本人按规定累计缴纳失业保险费的年限计算。城镇职工、固定工缴费个人1%，单位2%缴纳。累计缴费时间每满1年，大约可以领取失业保险金的期限最长为3个月，并逐月领取。累计缴费10年以上，最多不超过24个月。农民合同制工人通常个人不缴费，单位按2%缴纳。失业后，连续工作满1年以上，所在单位已按规定缴纳失业保险费，向单位所在地的社会保险经办机构申请一次性生活补助金。符合条件的农民合同工按累计缴费时间每满1年发1个月的规定发给一次性生活补助金。
4、工伤生育没影响!